慢性结肠炎存在细菌感染，还应当根据病原菌选择敏感的抗菌药物进行治疗，常用的药物有喹诺酮类、氨基糖甙类等。临床上缓解症状最常用的药物是柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等。如果慢性结肠炎出现急性改变，这时还可以考虑短期应用糖皮质激素，如地塞米松、泼尼松等。此外还应对症治疗，腹痛明显时可以应用山莨菪碱；腹胀明显时可以应用莫沙比利；腹泻明显时可以应用盐酸洛哌丁胺；便秘症状明显时可以用果导片等。
应该进一步的调整饮食习惯，尽量的吃一些清淡的容易消化的食物，避免吃辛辣刺激的食物，一般这种疾病多数和自身的免疫功能有很大的关系，也和平常的饮食习惯有关系的，一般通过调整应该是能够慢慢改善的，但是这种病是比较难治好的。
通常来说，患有慢性结肠炎不可以吃大蒜，具体分析如下：
大蒜具有强烈的刺激性，会刺激肠粘膜，从而加重腹痛、腹泻、大便粘液带血等症状。如果情况比较稳定，可以食用大蒜，这是因为大蒜具有很好的杀菌效果，能够有效的杀灭各种病原菌，适当食用对人体有一定的好处。建议患者在日常生活中要避免吃油炸、烧烤、辛辣等食物。
是指多种原因引起的结肠炎症性病变，可由细菌、原虫等生物引起，亦可由变态反应及理化因子引起，根据病因不同，可分为特异性炎性病变和非特异性炎性病变，前者指感染性结肠炎、缺血性结肠炎和伪膜性结肠炎等。后者又称炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎及结肠克罗恩病。患者一般会有腹泻、腹痛、黏液便及脓血便、里急后重、大便秘结等表现，常伴有消瘦乏力等，多反复发作。
一般情况下，如果患有慢性结肠炎，患者会有便秘的症状，例如每天2-3次。大便特征也会发生变化，通常情况下大便很成型，而有些患者其是在直肠和乙状结肠，会有内急后加重的症状。除了大肠，如果患有慢性结肠炎，还可能引起肠易激综合症。患者会出现腹痛，大便次数增多，大便性质变化。如果患者在肠镜下没有发现肠壁上有炎症，那么就应该对症治些患者会在便血后进行排便，有些患者一日内大便5-6次不成型，可以改善肠道菌群，对症进行止血。患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗，如巴柳氮片、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等。
临床用药还应当正规合理，以最大限度的控制症状发作。如果慢性结肠炎存在细菌感染，还应当根据病原菌选择敏感的抗菌药物进行治疗，常用的药物有喹诺酮类、氨基糖甙类等，比如左氧氟沙星。临床上缓解症状最常用的药物是柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等。