硫酸新霉素为氨基糖苷类的抗生素，口服避孕药物长期合用可导致避孕失败，并增加出血的概率。可影响洋地黄、氟尿嘧啶、甲氨蝶呤、维生素a、维生素b12的吸收，使疗效降低。硫酸新霉素不宜与其他肾毒性的药物及耳毒性药物合用。与神经肌肉阻滞药合用时，可增加神经肌肉阻滞的作用，导致骨骼肌软弱等。
阿莫西林与氨基糖苷类药(如庆大霉素、卡那霉素)、环丙沙星、培氟沙星等药属配伍禁忌。阿莫西林是一种最常用的半合成青霉素类，属于广谱的β-内酰胺类抗生素，为一种白色粉末，所以输液的时候，有一定的配伍禁忌。
中药的配伍原则很简单，根据中药的药性“四气五味”结合病症配合使用，“四气”指药物的“寒凉温热”；“五味”指：“辛、甘、酸、苦、寒”一般药物只有一味一性，各种药物配合使用的时候根据君臣佐使组成方剂。
本品不宜和抗凝血的药，比如双香豆素，肝素，以及溶栓药同用。抗酸药，比如碳酸氢钠等可以增加本品自尿中的排泄，使血药浓度下降，也是最好不要一起使用。本品和糖皮质激素，如地塞米松等，一起服用，会增加胃肠道不良反应。
不可配伍的药物：二性霉素B、青霉素类、头孢菌素类、氯霉素、红霉素、肝素钠、钙制剂、磺胺嘧啶钠和含维生素C的复合维生素B。避免与以下药物联用或相继使用：卡那霉素、新霉素、多黏菌素、巴龙霉素、链霉素、速尿、利尿酸。
此药一种抗叶酸类的抗肿瘤药，具有广谱的抗肿瘤活性，可以单独应用或者与其他的化疗药物联合使用。甲氨蝶呤可以采用不同的给药方式，口服经常用的剂量是2.5-10mg/d；如果是注射，用于绒毛膜癌常规剂量是15-30mg/d，需要肌注5天。如果是乳腺癌最大的剂量是40mg/m2，在第1天和第8天静脉给药。
