非淋菌性尿道炎通常是好治疗的。
治疗非淋菌性尿道炎可采用抗生素药物和消炎抗感染等药物治疗，还可多吃有清热利尿作用的食品来协助治疗，从而达到根治的效果。非淋菌性尿道炎病人在治疗过程中，要注意尿道口干净、卫生，要天天用温水冲洗，不要久坐不动，同时还要保持良好的生活规律才能快速康复。
如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋主要是支原体、衣原体感染导致的。支原体、衣原体中医是检测不到的。只有西医可以检测出来，中医的消炎作用是不如西医的。但是可以中西医结合治疗的。要多喝水，多排尿。冲洗尿道以利排出致病菌。戒烟酒，少食辛辣刺激食物。症状消退后继续消炎治疗2周，以防复发及并发前列腺的问题。治疗期间暂禁房事。
非淋菌性尿道炎既危害到男性又影响到女性，通常患病后会对男性的附睾带来负面影响，进而引发附睾炎，从而对生育带来影响；而对女性的危害则没有男性表现的那么直观，但是会因为病症的一再发展对宫颈、盆腔带来影响。进而引发黏液脓性宫颈炎、急性盆腔炎等病症发生，最终导致女性发生不孕。还常常会引发尿急、尿痛等情况发生。
