肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
肾囊肿一般伴有肾功能损害有不同程度的贫血，为全身表现，腰痛，慢性病人患侧腰部明显压痛及叩击痛，腰部可扪及肿块。患者中期表现在腰痛、肾区有包块、尿液中大量脓细胞、血中白细胞明显增高。
肾脓肿治疗主要是脓液引流及抗炎输液控制感染治疗。如果合并糖尿病应该积极控制血糖，否则患者有感染性休克甚至死亡的可能。脓液引流可根据脓肿的大小，采取经皮肾穿刺引流和手术切开引流。也可以根据细菌培养结果使用敏感的抗菌素。
肾脓肿的治疗费用在1万-3万元左右，医院的不同收费标准也就不同，患者的病情不一样，治疗方法也是会有差别的，肾脓肿现在直径达到6到7厘米是比较大的，可以考虑手术切除，每家医院手术的费用是不一样的。可以去正规的三甲医院就诊，考虑做微创的方法手术创伤比较少，术后恢复的比较快，一般的医院要几千到1万元左右。
无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因，所以若非十分必要，不要进行尿路创伤性检查。肾囊肿穿刺作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经过长期观察，该术也不能延缓肾功能损坏的发生。
中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；肾囊肿的介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。