巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢内周期性出血形成的，一般没有良恶性之分。但是巧克力囊肿是会有发生破解以及恶变的可能，所以及早发现，尽早治疗。必要时，需通过手术切除治疗。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，一般不会发生恶变。因为卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。平时注意休息，避免过度劳累，注意补充维生素，多吃富含维生素的新鲜的蔬菜水果，少食辛辣刺激性强的食物。
巧克力囊肿很少有恶性的，得了巧克力囊肿保持机体代谢和免疫功能正常，保持积极乐观的心态。月经期间是要禁止性生活的，而且还要禁止一切重体力劳动和剧烈的体育运动。青春期女子要防止受到惊吓，以免出现闭经造成月经溢流。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
