慢性结肠炎存在细菌感染，还应当根据病原菌选择敏感的抗菌药物进行治疗，常用的药物有喹诺酮类、氨基糖甙类等。临床上缓解症状最常用的药物是柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等。如果慢性结肠炎出现急性改变，这时还可以考虑短期应用糖皮质激素，如地塞米松、泼尼松等。此外还应对症治疗，腹痛明显时可以应用山莨菪碱；腹胀明显时可以应用莫沙比利；腹泻明显时可以应用盐酸洛哌丁胺；便秘症状明显时可以用果导片等。
通常来说，患有慢性结肠炎不可以吃大蒜，具体分析如下：
大蒜具有强烈的刺激性，会刺激肠粘膜，从而加重腹痛、腹泻、大便粘液带血等症状。如果情况比较稳定，可以食用大蒜，这是因为大蒜具有很好的杀菌效果，能够有效的杀灭各种病原菌，适当食用对人体有一定的好处。建议患者在日常生活中要避免吃油炸、烧烤、辛辣等食物。
一般情况下，慢性结肠炎的患者要在四诊合参的基础上，明确病因，对症治疗。具体分析如下：
通常来讲，对于脾肾阳虚型的慢性结肠炎，可以口服固本益肠丸；如果是脾胃虚弱的慢性结肠炎，可以口服补脾益肠丸；如果是肝脾不和引起的慢性结肠炎，可以口服固肠止泻丸；肠炎宁片是由大肠湿热引起的慢性结肠炎；如果是脾胃虚寒引起的慢性结肠炎，可以口服小建中颗粒等。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
应该进一步的调整饮食习惯，尽量的吃一些清淡的容易消化的食物，避免吃辛辣刺激的食物，一般这种疾病多数和自身的免疫功能有很大的关系，也和平常的饮食习惯有关系的，一般通过调整应该是能够慢慢改善的，但是这种病是比较难治好的。
临床用药还应当正规合理，以最大限度的控制症状发作。如果慢性结肠炎存在细菌感染，还应当根据病原菌选择敏感的抗菌药物进行治疗，常用的药物有喹诺酮类、氨基糖甙类等，比如左氧氟沙星。临床上缓解症状最常用的药物是柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等。
通常不会癌变的。治疗期间，禁烟酒及刺激食物，进易消化、高营养、低脂肪，低纤维的无渣食物，不吃油腻、粗纤维食物，如油炸食品、肥肉、芹菜等食物。出血者不宜吃奶制品、牛肉、羊肉、乌龟、无鳞鱼，大葱、生蒜，多油、过重香料，以保持人体温良平衡，排便通畅。
