输尿管镜取石术发生并发症，穿破输尿管或者造成狭窄。结石直径超过1厘米或者是表面粗糙呈多角形正。结石嵌顿过久输尿管发生严重的梗阻及上尿路感染。需要开放手术取石。
输尿管结石微创手术方法，在输尿管尿道口尿道进入膀胱，然后沿着输尿管口插入导尿管中，直至输尿管结石的位置，在输尿管镜的指使下沿着通道插入钬激光光纤或者气压弹道设备，将结石打碎取出。
输尿管结石，做输尿管镜钬激光碎石后，体内会留置支架管，一般留置支架管两到四周后可以取出，取支架管，首先应该在打麻醉下进行，可以采用局部麻醉，也可以采用静脉复合麻醉，如果疼痛耐受性低，建议做静脉复合麻醉，首先麻醉满意后进行消毒，然后通过尿道放入膀胱镜，膀胱镜下找到输尿管支架，然后用异物钳将输尿管支架通过膀胱夹出体外。
有些可能是碎石之后，比较小的结石一两天就排完了。有些可能要十天，甚至半个月或者半个月以上，才可能排完石。当然也有一部分人存在输尿管狭窄的原因，即使碎了石，也不能完全排出。往往就需要进行手术，来辅助排石。
输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
输尿管结石手术后，导流管在手术后一周就可以拔除，在患者的输尿管内也会放一个双接管，管需要患者出院带回家，一般在术后一个月，再到医院进行拔除。回家以后，体内有双接管，患者要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
