引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
阴茎短小还会不会再涨是要根据个人情况来决定的。如果男性发育成熟以后，阴茎是不会再长大了，无论是使用药物、食物、理疗、按摩，都无济于事，所以不要做那些无效的尝试。对于阴茎包皮有点长，龟头没有完全暴露出来，所以无法判断龟头是否有异常，从露部分以及包皮下的龟头轮廓看，应该不是发育不良。
通常，阴茎短小的治疗不需要太多时间。首先，患者需要做的是了解疾病的原因并找到治疗方法。在彻底了解病因后，采用适当的治疗方法。治疗阴茎短小，只要选择正确的方法，治愈疾病的机会就会增加。
临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
