一般情况下，足背腱鞘囊肿初期可以使用扶他林软膏、吲哚美辛胶囊、双氯芬酸钠肠溶片、大七分胶囊等，都能起到抗炎症、活血化淤、通经活络的效果，对治疗囊肿的患者也能起到一定的缓解效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。还可以结合其它疗法，比如红外辐射、微波、小针刀等，如果不能有效地缓解关节的活动和疼痛，可以通过外科手术将肌腱鞘囊肿完全切除，有较好的治疗效果。
卵巢囊肿一般不能吃药进行治疗，一般可以通过手术进行治疗。激素水平异常可能会导致卵巢囊肿，如果卵巢囊肿较小，一般不会导致女性出现明显不适症状，此时吃药不能治疗卵巢囊肿，所以一般可以不进行特殊治疗。如果卵巢囊肿较大，可能会影响正常怀孕，此时药物对于卵巢囊肿的治疗作用不明显，需要及时进行手术治疗，以切除卵巢囊肿。
附件区的囊肿可能是生理性的，1-3个月经周期之内，囊肿通常就会自行的消失，所以不需要用药，可以使用彩超定期观察即可。如果附件区的囊肿持续存在的时间超过三个月，患者首先检查肿瘤标志物，如果肿瘤标志物没有因此，可以使用桂枝茯苓丸、散结镇痛胶囊等中药来治疗，如果中药治疗效果不好，患者需要则选择手术治疗来治疗。
腱鞘囊肿容易粘连，渗出造成疼痛。可以口服扶他林等非甾体类抗炎药，缓解疼痛，缓解炎症渗出。腱鞘囊肿内，滑膜渗出，腱鞘增生，影响血液循环。可以口服血府逐瘀胶囊等活血化瘀药物，减轻积液渗出，促进血液循环，减轻粘连。如果腱鞘囊肿比较严重，导致粘连，已经影响到活动或者疼痛非常严重。这时候可以选择镇痛治疗，也可以注射激素类药物和局麻药物。
通常情况下，腱鞘囊肿吃尼美舒利，布洛芬，双氯芬酸钠、跌打丸，云南白药胶囊等药好。具体分析如下：
腱鞘囊肿是发生于关节部腱鞘内的囊性肿物，是由于关节囊、韧带、腱鞘中的结缔组织退变所致的病症。囊内含有无色透明或橙色、淡黄色的浓稠黏液，囊壁为致密硬韧的纤维结缔组织，可以使用药物来治疗，例如尼美舒利，布洛芬，双氯芬酸钠、跌打丸，云南白药胶囊等药，必要时可以进行手术。
