三个多月婴儿便秘的原因很多，如下：
1，如果患有先天性巨结肠、甲状腺功能低下等疾病，此时可能会出现该症状；
2，如果是食物过敏导致的，如牛奶、母亲过敏等，此时可能会出现该症状；
3，如果是儿童的肠道微生态系统不健全、疾病等原因导致的，此时可能会出现该症状，可以多吃富含纤维素的食物，如菠菜、胡萝卜、苹果等，对身体有好处。
很可能有太多的补充食物添加到孩子身上，也就是说，太多的食物让孩子一次吃不下，所以胃肠食物的积累也会导致便秘不要停止给孩子补充食物，而是减少补充食物的量，尽可能多给孩子吃水果和蔬菜，必要时喝点药物，每天给孩子喝几滴芝麻油，这样可以起到缓解便秘的作用。
首先让宝宝少量多次喝水。母亲不要吃辛辣刺激性的食物，多给宝宝按摩腹部，选择一款适合宝宝的奶粉。也可以加上奶伴侣两餐之间适当的加喂水。多给宝宝按摩腹部，适当的让宝宝哭一哭。吃香蕉或地瓜。要一直坚持每天吃香蕉。2、用肥皂削成火柴般粗的条状，沾水塞进肛门，马上就拉了。如此几天，目的是刺激定时排便。
婴幼儿出现便秘的主要因素有饮食因素、疾病因素等，需要对症处理。
1.饮食因素：婴幼儿的消化系统还没有完全成熟，如果吃太多的干粮，或者每日没有足够的水，会引起肠胃的蠕动变得缓慢，从而引起粪便的干燥，因此在添加辅助食品的时候要注意由少到多，由细到粗，每日都要给宝宝足够的水。
2.疾病因素：小儿肛裂、急性上呼吸道感染等都会导致腹泻，可以通过增加肠道的有益菌，如乳干草杆菌二联活菌等来调节肠道菌群，同时可以服用乳果糖来软化粪便，帮助排便。
便秘可能是胃肠道发育尚未完善，会出现便秘的现象，适当的加用些蔬菜水果是否可以改善症状，在两次喂乳之间喂新鲜果汁或白开水，其次多饮水随着孩子的生长发育，便秘的现象可以得到改善的慢慢来即可。
