脂肪肝患者适量喝咖啡，不加糖的咖啡具有消脂消积、降血脂、利尿、降低血清谷丙转氨酶的功效，适量饮用对脂肪肝患者有益，但不要长期服用，可偶尔服用，另外需注意调节清淡饮食。
女性在妊娠期间不能饮用咖啡。咖啡是采用经过烘焙的咖啡豆所制作的饮料，可以有效兴奋交感神经，起到提神醒脑的作用。咖啡营养物质比较低，其中所含有的咖啡因会导致人体钙大量流失，孕妇出现失眠、紧张、头痛等不适感，还会使胎儿加快心率，体重偏低，并增加胎儿畸形的风险，也可能引起孕妇流产或早产。
肝脏不好的人尽量要喝咖啡，咖啡具有一定的刺激性，会对肝脏造成影响，会加重肝脏的负担，不利于肝细胞的修复，对于肝脏不好的人平时要注意饮食，合理调整，可以多吃些养肝，护肝的食物有助于肝细胞的修复，有利于肝功能的恢复，尽量不要喝含咖啡因和酒精的饮料。
甲状腺炎不要喝咖啡。
咖啡是提神的饮料。因为咖啡含有很多物质，其中最重要的是咖啡因。促进血液循环，增加神经系统兴奋，但咖啡因过多容易引起血液血糖过低、胃粘膜损伤、心动过速等不良反应。也影响钙的吸收。另外，由于影响内分泌的稳定，甲状腺炎的情况下，会导致内分泌不稳定，诱发甲状腺功能亢进和下降，因此不适合咖啡等对内分泌有刺激性的饮料。控制海产品需要摄取海带等高碘食品。
失眠患者不能喝咖啡。
咖啡本身清爽刺激。失眠本身是因为大脑的兴奋中枢再也不能把自己控制在安静的状态。这时候再喝咖啡并不意味着大脑更刺激、更兴奋。这使睡眠更困难。睡觉前不要喝咖啡或浓茶。咖啡因可以加速心跳。有些人平时心律不齐，或者对茶、咖啡特别敏感，空腹喝茶会引起头晕、心悸等不适，增加心脏负担，对心脑血管疾病患者构成潜在威胁，使病情进一步恶化。睡觉前喝一杯牛奶或蜂蜜水可以睡觉。
