口腔溃疡通常限于疼痛、发红、肿胀等。在口腔里。手足口病通常伴有发烧，或红疹皮肤和四肢水泡。因此，应尽快注意调节和观察。然而，对症状的判断仍然存在局限性和错误。应该尽快对儿童进行血液检查，以帮助诊断疾病。确诊后，应根据疗程服药。
手足口病跟口腔溃疡二者有个区别就是前者会传染后者不会。手足口病主要临床表现为：发热，同时会有手、足、口腔等部位出现斑丘疹、疱疹，还有的会出现咽喉疼、头痛或者流涕等感冒的症状。而口腔溃疡一般称之为上火，属于口腔的疾病。
手足口病是一类病毒感染的统称，是病因。两者可重叠，即手足口病可表现为口腔溃疡的可能，口腔溃疡可由很多病因引起手足口病病毒是其中之一。手足口病是病毒感染引起，口腔溃疡病因不明确，但是于病毒感染关系不大。手足口病主要时学龄前儿童多见，主要表现为口腔黏膜糜烂溃疡多呈多发，同时伴有手及足部水疱，严重时会涉及臀部，伴有发热，有传染性，需要积极抗病毒及支持治疗。
口腔溃疡与口腔疱疹的区别是，溃疡会破坏出现溃疡面，而疱疹是一粒粒的泡状结构，其次是二者的诱因不同，疱疹属于病毒感染，需要进行抗病毒治疗，最后是针对的人群不同，疱疹多发生于小儿，而溃疡多见于成人，溃疡几乎都能好。
一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
口腔溃疡是一种以周期性反复发作为特点的口腔黏膜局限性溃疡损害，可发生于口腔黏膜的任何位置，以唇、颊、舌部多见，严重者可波及咽部黏膜，数目增多，疼痛加重，愈合期延长。口腔疱疹是由肠道病毒引起的传染病，可引起手、足、口腔等部位的疱疹，个别患者可引起心肌炎、肺水肿、脑膜炎等。
