肾囊肿可分为肾脏单纯性肾囊肿，肾脏多发囊肿，多囊肾。其中多囊肾为常染色体显性遗传病，其他两种不是遗传性疾病。目前临床上对于肾囊肿的治疗有肾囊肿穿刺抽液硬化术，腹腔镜肾囊肿去顶术。对于单纯性肾囊肿两种术式均可。肾脏多发囊肿适合行腹腔镜肾囊肿去顶术，这种术式可以将所有囊肿同时处理，手术安全，手术效果好，囊肿复发的几率低。
肾脏多发性囊肿，囊肿个数超过两个以上，就可以称之为多发性囊肿。肾囊肿是良性疾病，如果体积比较小，没有明显的症状，对肾实质不造成压迫，不影响肾功能，可以动态观察，定期随访。如果囊肿的个数比较多，而且直径大于六公分以上，对肾实质造成了明显的压迫，就需要积极的处理。肾囊肿的处理，目前有两种方式，一种是在B超引导下做肾脏的囊肿穿刺，适用于囊肿位于肾脏的下极或者中极。另外一种是经腹腔镜肾囊肿去顶减压手术。
双肾多发性肾结石可以通过以下方式进行治疗。
一，结石具体部位结石有多大、结石数量，肾是否正常，根据对以上情况的认识，做出处理上的抉择。如果结石没有位于肾盂和肾盏中，可以不进行治疗，石低于0.5厘米的，应进行排石治疗，结石在0.5~1.5厘米之间时，可用体外震波碎石。当结石大数量较多或者肾功能不佳时，选择手术，体外震波碎石处理是损伤很小的处理手段，把结石震碎，靠尿流排除，治疗痛苦少，通常都可以忍受，一排石需要尿液清洗，需要具备良好肾功能。
日常生活注意，一天的饮水量约为三千毫升，不宜喝果汁，茶和碳酸饮料等，以免含钙过高、限制食盐和糖的高草酸盐膳食。
肾囊肿不能靠吃药治好的，只能靠手术。患者不用担心，手术是可以治好的。双肾囊肿是一个简单的肾囊肿，只要囊肿不超过三厘米，就不需要治疗，但如果超过三厘米，就需要手术以获得更好的疗效。平时注意休息，低盐饮食以清淡食物为主，营养均衡。
肾错构瘤是由异常增生血管、平滑肌组织按照不同的比例构成的，是一种良性肿瘤。单肾错构瘤不需要治疗，定期观察。如果是双肾错构瘤，则非常严重的疾病。不及时治疗，会出现压迫脏器的症状，如压迫胃肠道会出现营养不良。
多发性肾囊肿并不是一种独立的病，它或属于多囊肾，或属于单纯性肾囊肿。无症状时不需要做任何治疗，但要活期复查，查看囊肿能否持续增大。无症状的患者应常常实行尿液检验，包括尿惯例、尿培育，每半年至少一年实行一次肾功能检验，包括内生肌酐清除率。由于感染是肾囊肿好转的紧要原因，因此若非非常必要，不必实行尿路创伤性检验。肾囊肿的治疗方法较多，穿刺治疗和保守肾囊肿消肿方治疗。