沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
男性解脲支原体阳性一般可以进行药物治疗，具体分析如下：
男性解脲支原体阳性必须口服阿奇霉素和阿奇霉素等大环内酯抗菌素。此外，确定支原体检查必须性伙伴或另一半，是不是也是有感染，假如感染也必须一起治疗，治疗过程中切勿饮酒或抽烟、吃油腻辛辣刺激性的食材，多饮水，治疗过程中不必行房。药物治疗一段时间后需要复诊解脲支原体，转阴后需再次口服药物1周。
女性衣原体感染的治疗主要有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：四环素，多西环素，红霉素，阿奇霉素，克拉霉素等一线治疗药物是肺炎衣原体感染的首选药物。四环素类、大环内酯类药物治疗沙眼衣原体感染。
2.手术治疗：沙眼后遗症和并发症的治疗，滤泡多的挤压术，睑内翻和倒睫者手术矫正。手术治疗合并尿道狭窄、女性不孕等。
患者应根据医生的判断，避免自行用药，选择适合自己病情的治疗方法，以免延误病情，防止病情恶化。遵照医生的指示进行治疗和用药。
肺炎衣原体阳性通常需要使用药物进行治疗。
肺炎衣原体阳性者提示机体内存在肺炎衣原体感染所致疾病，会导致气管炎、咽炎、扁桃体炎等疾病。肺炎的病情会使人体浑身发热、酸疼、声音沙哑等，咳嗽及其他症状。衣原体感染者可使用大环内酯类的药物，如红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等进行抗感染治疗。
衣原体阳性可以通过药物治疗、生活护理等方式来改善。
如果衣服原菌呈阳性，可以考虑进行药物的抗菌药物。常见的是阿奇霉素、罗红霉素和红霉素等大环内酯；眼睛有衣原体的炎症，可以选择用红霉素眼油。如果是比较严重的，可以通过静脉输液来进行。还可以口服多西环素、克拉霉素等药物。
解脲支原体是非特异性尿道炎的致病菌。非特异性尿道炎致病菌多为沙眼衣原体、解脲支原体、白色念珠菌、疱疹病毒等，解脲支原体阳性则意味着非特异性尿道感染诊断成立。如果解脲支原体呈阳性，由医生指导治疗：去除病因，比如有梗阻的因素就去除梗阻因素：辅助治疗，如适当多饮水，以增加尿量，对尿道有冲淡的作用，可稀释细菌；中药的治疗，具有清热利湿、通淋功效的中药能起到很好的作用。
