直肠阴道瘘的手术治疗，首先要找到直肠阴道瘘的窦道，然后做手术切除窦道，在对窦道口进行缝合，这样就可以完成阴道直肠瘘的手术，手术治疗以后要好好休养，不要吃腥发类食物，避免影响伤口正常愈合。
直肠阴道瘘通常由于受到损伤或先天性因素及感染导致直肠阴道隔缺损，引起直肠内容物流向阴道，从而相互之间形成通道，导致大便从阴道里面排出。直肠阴道瘘可以引起阴道炎、会阴部皮炎及肛门周围炎症。所以直肠阴道瘘护理较为重要。
直肠阴道瘘治疗的目的是闭合瘘管，避免复发同时保护肛门括约肌的功能，缩短愈合的时间。尽早去医院，在医生的指导下进行手术治疗，手术后感染复发率高，手术难度很大，要达到一次性的成功，慎重的选择手术时机和手术方式是很重要的。
有可能是属于后天炎症刺激，也有可能是属于先天发育异常导致的，需要尽早去医院采取手术治疗。时间长了，有可能会造成阴道继发细菌感染，造成功能性的障碍，影响正常的生长发育。
儿童肛瘘在临床上比较少见，最常见于成人肛瘘，无论是儿童还是成人，都需要手术彻底治疗，儿童相对较小，一般耐受手术和麻醉能力相对较小，有一定的感染力。让孩子长大后再做手术是治疗方法。现在不适合考虑手术。
