婴儿肛瘘宜先行保守疗法，若无发热等全身症状，不需要用药，可用温水或中药坐浴，然后用棉花或柔软的纱布轻轻擦干，另外，要保持大便通畅和局部干燥清洁，尿布应柔软、透气性好，勤洗勤换。
不可以保守治疗。由于保守治疗容易导致继发性肛瘘的形成，肛周脓肿是一种主要由继发性肛窦炎引起的疾病，长期不能反复治愈。反复便秘和腹泻刺激直肠和肛管，当人体免疫力低下或疲劳时，可诱发局部感染并形成脓肿。
对于肛周脓肿初期，可以选择手术治疗，将脓肿切开进行详细探查，脓腔的分泌物，留取进行细菌学的化验。另外，要清拭脓腔壁，避免残留。术中可能会有一些出血的发生，手术以后，脓腔首先应该进行填塞。
肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
肛周脓肿多表现为肛周局部红肿、疼痛等症状，大多由细菌感染导致。应到医院检查，对症治疗。平时注意少吃辛热、油腻、粗糙、多渣的食品，忌烟酒、咖啡等。要心情开朗，勿郁怒动火。每次排便后要用温热水将患部洗干净，然后再擦干。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
