肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。注射硬化剂的目的是肾囊肿的囊内形成粘连、硬化，这样可以迫使该部位不再出现积液形成囊肿的。一般有人选择药物治疗，但是对于肾囊肿，药物治疗的效果一般都不好，所以最佳的治疗方式还是采取肾囊穿刺抽液的操作。
较小的一个是它可以用一些药物和食物来治疗。囊肿的治疗效果不是特别明显。治疗肾囊肿时，必须用手术治疗。然而，当肾功能在相对较小的临床市场中不受影响时，可以首先通过保守或观察来治疗。当蛋白尿或肾功能损害相对较大时，需要通过肾切除术切除囊肿。
单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。
有自愈的可能。如果身体条件比较好的话，囊肿会过半年到一年或者几年时间自动被身体吸收。但如果囊肿出现增大，就需要药物干预。肾囊肿比较小的时候，是不会有什么太明显的症状表现，对于身体的各项机能也不影响。
