三个月宝宝咳嗽、鼻塞可能是呼吸道感染导致的，具体分析如下：
三个月宝宝咳嗽、鼻塞，可以判断存在呼吸道感染。常见的有打喷嚏、发烧、咳嗽、流鼻涕等症状。建议带着孩子到医院检查一下血常规和炎症指标，看是不是病毒感染引起的，还是细菌感染引起的。如果是病毒感染，可以服用一些抗病毒的药物。如果是细菌感染，可以服用抗炎的药物。要注意肺部感染，要做胸部X光检查。
三个月宝宝咳嗽可能是生理原因引起的，也可能是存在疾病。
三个月宝宝咳嗽，要看小孩咳嗽的程度。如果只是咳一声、半声或者偶尔咳嗽，可以遵医嘱用甘草口服液，然后进行观察。宝宝在喝完奶后会出现咳嗽，要注意是否有一点噎着，因为奶量多了，宝宝还没有下咽。在给宝宝喂奶之前，可以用手指捏着宝宝妈妈的奶嘴，避免给宝宝喂奶。还要注意宝宝是否有打喷嚏、流鼻涕、发烧等症状，如果是感冒了，可以遵医嘱服用抗病毒、止咳的药物。母乳喂养的孩子要注意饮食，海鲜、鱼虾、肉、膨化剂、添加剂、小零食油炸、油腻、辛辣刺激的食物都要尽量少吃。如果宝宝咳嗽加重，可作雾化。出现呼吸困难、喘息等症状时，要及时就医。
可能与孩子呼吸道病毒或细菌感染有关系，导致感冒或支气管炎的发生。也可能鼻炎所致，是需要进行积极的治疗的。可带孩子到医院儿科就诊，进一步检查明确病因及病变程度，然后采取合理的治疗方法。
考虑是咽喉炎导致的。着凉受寒，饮食因素，机体免疫力下降的时候细菌或者病毒就会入侵人体从而引起咽喉炎。主要临床表现为咳嗽，咽喉干痒等症状。是临床上常见的一种疾病。
白天不怎么咳嗽晚上咳嗽的厉害，考虑应该是咳嗽变异性哮喘，特点是发作性的刺激性干咳，每因感冒，受凉，运动或者接触变应原后马上出现咳嗽。发病的机理是气道的高反应性，气道痉挛，而不是感染导致的炎症。