进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
可以通过验血，通常不需要绝对禁食，任何时间段都可以检查，一般验血乙肝全套都可以。通常有五个项目。目前，有六个项目在临床实践中很常见。可以检查一整套乙型肝炎病毒来确定是否存在乙型肝炎病毒感染。乙型肝炎表面抗原阳性可用于确认乙型肝炎病毒感染。
如果有宫颈糜烂要做宫颈检查，当然首先要去做宫颈排癌检查，做tcd检查和HPV检查。如果排除了宫颈病变，一般是宫颈炎症或者是宫颈糜烂，可以先用药治疗，药物治疗效果不好，还可以采取利普刀手术治疗或者激光手术治疗。
月经推迟或提前一周都属于正常现象。如果不放心可以做早孕试纸测定或在停经42天左右做B超检查以明确是否宫内怀孕。如果想怀孕应该在排卵期同房，受孕的几率更大，排卵日是在月经前14天左右，排卵日的前5天和后4天属于排卵期。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
