临床上，根据患者甲状腺多发性囊肿的体积、大小，根据囊肿的具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法：
一.甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩色多普勒检查提示囊肿有纵横比大于1且明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。
双侧甲状腺多发囊肿的治疗方法如下：
一、甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩超检查提示囊肿有纵横比大于1且明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。
如果两侧囊肿小，不用过分担心，定期去医院复查甲状腺彩超和甲状腺功能就可以了，有时还可以进行甲状腺核素扫描。一般3至6个月左右进行审查。
但是，在复查过程中，如果囊肿有明显的病变(如囊内出血或甲状腺功能有明显异常)，则应通过相关检查、囊肿切除、术后病理检查明确其性质。治疗过程中不能吃辣椒、辣条、麻辣火锅等过于辛辣的食物。最好不要喝含酒精的饮料。不要吃海鲜食品，如海带、贝类、水产品等。可以适当摄取水果、绿色蔬菜等富含维生素和纤维素的食物。适当摄入鱼、虾、瘦牛、羊肉等优质蛋白质，可以抑制囊肿的生长。
甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。
甲状腺囊肿是一种良性病变，但是如果压迫了颈部组织，可能会出现颈部不舒服，所以对身体是有一定影响的。需要去做个详细检查，如果是有甲状腺囊肿，需要用手术切除甲状腺治疗比较好，然后排除甲亢或者甲减的发生，然后针对性的治疗。
