用于治疗灰指甲的抗真菌口服药包括伊曲康唑、特比萘芬等。
伊曲康唑胶囊是一种常用的抗真菌药物，主要用于皮肤浅表的真菌感染，对于灰指甲的治疗有一定的杀灭致病菌的效果；盐酸特比萘芬片主要适用于皮肤癣菌，对于灰指甲也具有一定的治疗效果。但口服药物通常会经肝脏代谢，具有一定的肝毒性。因此，一般建议患者采用外用药物来治疗，例如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂，其中含有的聚维酮碘对微生物、细菌、病毒、真菌等具有很强杀伤力，还能抑制致病菌的繁殖，对于灰指甲有很好的疗效。
龟头抗真菌药膏有硝酸咪康唑乳膏、酮康唑乳膏等等。
对于念珠菌性龟头炎，可以使用龟头抗真菌药膏，硝酸咪康唑乳膏、酮康唑乳膏等，能有效地抑制念珠菌。念珠菌性龟头炎主要是由于不洁性生活而导致的，龟头会有红疹瘙痒、灼烧感，同时还会有粘稠的白色分泌物。在治疗的时候要注意局部的卫生，可以用高锰酸钾溶液泡洗龟头，在同房的时候要采取保护措施，可以选择安全套。
外用抗真菌药酮康唑和咪康唑是有效果的，外用抗真菌药酮康唑和咪康唑，有软膏剂、洗剂或者是乳膏剂等的制剂，酮康唑作用于皮肤粘膜真菌感染和脂溢性皮炎，头皮屑等。
抗真菌药曲安奈德益康唑可以用于湿疹，过敏性皮炎，荨麻疹，玫瑰糠疹，银屑病等，特比萘芬为丙烯胺类广谱抗真菌药。能特异性地干扰真菌固醇的合成，选择性地抑制真菌的角鲨烯环氧化酶的活性，使真菌细胞膜形成过程中的角鲨烯环氧化反应受阻，从而达到杀灭和抑制真菌的作用。
外用的抗真菌药，由于吸收量极少，基本不会引起系统性的副作用。外用后有可能出现局部的皮肤反应，如轻微的发红、烧灼感或鳞屑，有些人可以出现严重的过敏反应。对于口服或者静脉应用的抗真菌药物，可以出现系统性的副反应，胃肠道的反应最为多见，例如恶心、腹泻、腹痛、消化不良、腹胀，有些人可以出现肝功能的异常和皮肤的过敏反应。
