巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的。子宫内膜异位容易导致不孕不育。主要的症状就是下腹疼痛进行性加重的痛经，不孕性交有不舒服的感觉。如果症状轻，移位的子宫内膜坏死萎缩，分娩后症状缓解也有可能治好。如果巧克力囊肿过大，应该手术治疗。
治疗巧克力囊肿如果采用药物治疗效果不好，如果是有生育要求的病人，一般采取腹腔镜手术治疗，在腹腔镜手术的时候需要保留卵巢的功能，并不能完全切除。对于生育没有要求的女性，采取腹腔镜手术室进行治疗，巧克力囊肿完全的摘除而不是剥离。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
