巧克力囊肿术后的恢复2到3个月都不等，需要身体的机能状态恢复正常，身体的内分泌才能逐步平衡，巧克力囊肿一般不会明显影响到卵巢功能，所以目前主要是形成规律的生活方式，促进内分泌平衡调理就可以。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕，需要及时治疗，而巧克力囊肿手术可以在月经干净后3天以后进行手术治疗。
术后巧克力囊肿的一年复发率是10-18%，月经不来不一定会导致复发，还是上医院检查比较好，而且不健康的饮食易导致巧克力囊肿的复发。所以在日常饮食中要注意做好饮食调节，保证饮食多样化，及时补充人体所需的维生素及矿物质，多吃水果、蔬菜，增强人体抵抗力，从而可以有效预防巧克力囊肿复发。
要根据身体的情况来定，另外注意是否影响了内分泌。如果月经持续不来，可以到妇科就诊做一下性激素等检查，根据检查选择治疗。巧克力囊肿摘除术后，要注意适当休息，避免劳累，保证充足睡眠，如果来月经时间仍然肚子痛，可以热敷腹部，可酌情使用止痛。
巧克力囊肿的在来月经的时候会有痛经的情况，而且平时也会有月经不调的症状，同时比较典型的症状还会有性交疼痛，严重了还会不孕不育，一定要及时到正规医院里做详细的检查。
月经多会导致内分泌失调，与受凉，熬夜，过度劳累等都会有关系。不要过于紧张，可以暂时观察着看。月经期间注意保暖，多穿衣物，避免着凉，不要碰冷水，不要吃生冷辛辣刺激性食物，勤换卫生巾，保持私处清洁。
