人乳头瘤病毒的治疗方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
1、物理治疗：有电灼，利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。
2、药物治疗：常用的药物为咪喹莫特乳膏治疗，适用于局部肿瘤的消除和局部病灶的清除。此外还可以使用免疫抑制剂，通过白介素类药物，增强病人的自身免疫功能，排除阳性体征。
肛乳头瘤治疗方法：肛乳头瘤主要表现为平时感到肛门内有异物感，随着乳头增生肥大，排便时乳头可脱出肛门外。药物治疗无效，局部炎症不减轻，反复发作者，可考虑手术治疗。肛乳头切除术：小的肛乳头可直接切除，乳头大的则需要用线结扎基底部后切除。
对一些症状比较轻的病人，非手术疗法仍然是主要的治疗方法。瘤体较大或症状重者手术治疗。对早期疾病采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。
人乳头瘤病毒感染根据分型，治疗方式存在差异。
例如人乳头瘤病毒感染低危型，在不引起宫颈病变的情况下，病毒可由本身抵抗力清除。人乳头瘤病毒并不引起宫颈病变，属慢性宫颈炎之类可应用促病毒消失药物，如干扰素、生物蛋白敷料，及保妇康栓之类的药物，以有助于人乳头瘤病毒的去除。高危的情况下，可能需要手术进行治疗。
坐浴法：热水坐浴每日1-2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。每日1～2次，可减轻症状。手术疗法。肛乳头瘤切除结扎术：侧卧位，肛镜下用弯钳夹住乳头瘤根部，沿血管钳基部，剪开少许乳头根部皮肤，乳头瘤较小可以行单纯结扎术，剪去血管钳上的乳头瘤。术后每日热水坐浴。电灼法：在肛门镜下暴露出肛乳头瘤，用高频电灼探头按压在瘤体根部，开通电源，将乳头瘤彻底烧灼之。术后每日用痔疮膏或栓剂纳入肛门内。
防止便秘和腹泻。保持肛门清洁，勤换内裤，坚持每日便后清洗肛门，对预防感染有积极作用。不要久坐湿地，以免肛门部受凉受湿，引起感染。一旦发生肛门直肠周围脓肿，应早期诊治，以防蔓延。及时治疗溃疡性结肠炎、肠结核等可引起肛周脓肿的全身性疾病。
