巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，一般会引起痛经，而且会有进行性加重的，有的人还会引起性交痛，不孕，甚至月经不调。如果症状不明显，可以采取药物保守治疗，但是比较明显的就要注意做手术治疗了。
巧克力囊肿出现月经量少是正常，可能是引起了月经紊乱导致的。巧克力囊肿又称为卵巢内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，当月经脱落的子宫内膜碎片随经血逆流输卵管进入盆腔，种植在盆腔，可形成异位囊肿，受雌激素营养，发生周期性的月经出血，使卵巢增大，可出现陈旧性的出血。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿手术后有阴道出血的症状，应该属于正常现象。巧克力囊肿术后是会有一定的出血的情况，如果没有超过月经量的话，是无需进行过多的干预，如果出血量比较多，并且伴随着剧烈性的腹痛的话，就需要再次及时到医院进行就诊。术后应该多注意卧床休息，尽量不要干重活。等一个月以后去医院做一下复查，查一下恢复的情况。
巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
