肾结石半夜疼的厉害的原因，肾结石在排出过程中会损伤泌尿系统的黏膜，如果结石较大，在进入输尿管狭窄的部位时，可以出现坎顿，导致疼痛难忍，严重的会出现肾绞痛。
其实睡完之后拍摄的过程是会出现疼痛的情况，同时排石的过程也会引起血尿的情况，因为节食会划破尿道粘膜引起出血的情况。只需要解痉药物就比较有效，如果疼痛较重，则解痉和止痛药同用，同时可以多喝水，促进肾小结石排出体外，因此肾结石疼痛要缓解疼痛为主。
手术的过程中，通常会有麻醉，没有疼痛的感觉。激光在打石头的过程中，仅仅作用于石头，对人体的软组织不会造成损伤，是不会造成疼痛的。碎石术后，可能由于切口愈合会有轻微的疼痛，一般可以忍受。
肾结石有的时候会感觉到腰疼，是因为小的结石活动范围大，当小结石进入肾盂输尿管连接部或输尿管时，引起输尿管剧烈的蠕动，以促使结石排出，于是出现腰疼，肾结石引起的疼痛可分为钝痛和绞痛，多数呈阵发性，亦可为持续疼痛。
有可能是肾结石增大，或者是松动卡在某处，引起局部组织剧烈疼痛，如果结石的体积比较小可以多活动，多喝水，尽量让结石自行排出，如果结石体积比较大，要选择体外碎石或者手术腔镜取石等方式治疗，减轻疼痛。
