一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
确定甲状腺结节可以超声检查和化验血中甲状腺激素的水平，并且可以做一下穿刺抽液的化验。甲状腺囊肿包括结节性甲状腺肿，甲状腺癌囊性变、腺瘤退行性变和陈旧性出血伴囊性变，先天的甲状舌管囊肿的，如果是单纯的囊肿，是一个小手术。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。
