肛门脓肿治疗方法分为非手术治疗和手术治疗。非手术治疗包括:抗生素治疗、温水坐浴、局部理疗、用药物以减轻排便时疼痛。脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，经非手术治疗，肛周脓肿未见好转，还有肛周脓肿发病就很重的，这样只有肛周脓肿手术切开引流或超声引导下脓肿穿刺引流。肛周脓肿一胆旦确诊，应积极切开引流。
医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
主要就是进行局部的消毒处理，应用一些杀菌的药膏进行局部的治疗，重要的就是一定要保证大便的通畅，这样就会避免脓肿有加重的情况的发生，严重时可以选择进行局部的手术治疗的。
肛门脓肿严重。因为发病比较急，疼痛比较厉害，短时间内可以沿着肛周的脂肪间隙蔓延。如果是慢性的肛周脓肿，一般形成脓肿会有一个过程，疼痛不是特别厉害，全身症状不是特别重。
肛门脓肿的症状。肛门脓肿属于肛周的一种急性感染，多继发于肛腺的炎症反复发作不愈，病人会有明显的肛门疼痛伴有发热，排便时也会导致症状的加重，深部的脓肿还会有明显的寒战和乏力，化验也会表现为血常规白细胞和中性粒细胞比例明显增高，查体在肛周表现为皮肤充血水肿的炎症表现，局部充进行穿刺可以获得脓液，早期诊断应该及时的选择手术切开引流。
