常用的手术的方法是腹腔镜手术，腹腔镜肾囊肿去顶减压手术可以有效的去除囊肿，把囊液吸净，避免囊肿再次复发。对于较小的肾囊肿，通常临床上没有明显的症状，不需要进行特殊的治疗。每年做肾脏彩超，观察囊肿的变化就可以。
膝盖出现了囊肿，就很容易会造成压迫症状，引起活动障碍，行动不方便，疼痛也可以及时的进行调整和治疗的。滑膜囊肿内有分泌黏液的上皮组织，所以保守治疗，可能效果不大，可以选择的治疗方法进行手术切除。
右膝关节腱鞘囊肿可以通过按摩、手术等方式进行治疗。
右膝关节有腱鞘囊肿一般不会有什么特别的表现，一般不需要特别的处理，要多注意观察，避免膝关节过度活动，避免登高、爬山、局部反复的推拿。如果是腱鞘囊肿，需要做外科手术，再做病理检查。另外，患者还要做好石膏支架或支架外固定，可以先休息3-4个星期，避免复发。
患者可以结合临床表现，定期复查一下问题不大，有可能是生理性的囊肿，也有可能是复发或者是炎症反应。需要是穿刺，或者是使用红外线理疗，消炎症点滴。观察一下，定期复查。
有输卵管积水和巧克力囊肿，首先输卵管积水可以阻碍精子和卵子的结合，造成不孕，需要在腹腔镜下做输卵管疏通术，同时做巧克力囊肿挖出，保留卵巢就可以，这两个手术是可以同时进行的。