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肾结石可以通过体格检查和影像学检查确诊。尿液常规检查，观察是否有尿糖、尿蛋白、红细胞、白细胞等，判断是否合并尿路感染及糖尿病等；血常规检查，如白细胞的数目增多，则可能存在感染。
如果是肾结石，可以去医院挂号泌尿外科。由于肾结石是一种泌尿系统的病症，是一种泌尿外科的病症。如果要进行肾结石的检测，首先要进行尿常规和泌尿系统的彩超。这个检查是一种筛查，假如没有，可以再次进行一次肾盂、输尿管和ct来确诊。通过以上的检测，可以确定肾结石的大小、位置、密度、坚硬等情况，为后续的处理提供依据。
肾结石的检查大多数是依赖于影像学的检查如X线检查，X线检查是诊断尿路结石最重要的方法包括尿路平片、排泄性尿路造影、逆行肾盂造影、经皮肾穿刺造影等。可能是B超检查，可对肾内和无结石及有无其他合并病变作出诊断，确定有无肾脏积水，尤其能发现X线透光的结石，还能对结石造成的肾损害和某些结石的病因提供一定的证据。CT检查是目前结石诊断的首选。
肾脏结石不能通过体检来确定病因，一般通过临床表现和病历来判断，但要确保诊断的准确，还需要通过化验、放射科等方法来确定。
尿常规检查主要是以肉眼或镜下的血尿为主，但在感染的时候会出现脓尿，也可能会出现结晶尿，即尿液中含有微小的粒子，如果是感染型的，尿中会出现大量的尿，如果病人的尿道结石与代谢情况有一定的关系，需要进行新陈代谢检测，24小时后再进行尿等。对泌尿系统的超声、CT等疾病进行影像学检查是目前最常用的方法。
通常来说，诊断胆结石需要做腹部CT检查、B超检查、核磁共振检查等检查。
胆结石包括胆囊和胆管的任何部位发生结石的疾病。按发生的部位来分，可分为胆囊结石、肝外胆管结石和肝内胆管结石或者上述多部位同时并发，其中胆囊结石占全部结石的50%左右。胆石病的临床表现以右上腹胆性绞痛、黄疸和发热为三大主证，其疼痛往往于夜间、饱餐后或进食高脂肪食物后发作，疼痛可向右肩或右肩胛部放射。通常可以进行腹部CT检查、B超检查、核磁共振检查等检查。
肾结石检查包括影像学及尿液检查，然后作为影像学检查的是B超、腹部平片、CT等，则用于核磁的更少，然后还需要检查尿液检查的，那这尽量不吃，因为吃完之后，肠道积气对，尤其对超声腹部平片或CT更是如此，多了些伪影在起作用，然后空腹进行检查也许会更好，在检查过程中能更清楚观察到病情的发展，以免影响患者病情的恢复。