是由于自身免疫系统出现问题引起的非感染性炎症，自身免疫性脑炎是属于脱髓鞘脑病，发病后损害大脑白质的植物神经，使其调节紊乱不能自主自身调节。是种难治的局灶性持续发作疾病。
细菌感染，一般可用滴眼液或眼膏治疗，症状通常会在用药后的1-2周内消失。严重的细菌性感染如伴随有角膜炎，得短期3-5天口服抗生素治疗同时加用滴眼液修复角膜上皮。病毒感染多数会引起角膜炎，因此早期使用钠滴眼液就很有必要。
免疫性性紫癜，是由于自身抗体的产生与血小板上的抗原结合，导致血小板生成减少以及血小板在脾脏内被吞噬和破坏。本质是一种自身免疫性疾病，治疗首选糖皮质激素，有些继发于其他风湿性疾病的免疫性血小板减少性紫癜，还需要进行原发病风湿病的治疗，如有些可能继发于系统性红斑狼疮、混合性结缔组织病等。
免疫性肝炎是由自身免疫系统异常所引起的一组慢性肝炎综合征，多发于青年女性，其临床表现主要为头痛乏力、黄疸、恶心、食欲不振、皮疹等，但是有大约一半是在肝功能正常检查的时候才被发现的，也有一些急性发病者，可以在短时间内肝衰竭甚至肝硬化，自身免疫性肝炎与病毒性肝炎最大的不同就是它没有传染性。
慢性自身免疫性甲状腺炎又称慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺炎、桥本病等。多见于中年女性，病程长，发病缓慢，甲状腺呈弥漫性、轻至中度肿大，质地坚韧，多无症状，疼痛少见，偶尔也可有轻度疼痛或触痛，见于甲状腺肿生长形成快、抗甲状腺抗体滴度明显升高者。
免疫性血小板减少是一种复杂的多种机制共同参与的获得性的自身免疫性疾病，该病的发生是由于患者对自身血小板抗原的免疫失耐受，产生体液免疫和细胞免疫介导的血小板过度破坏和血小板生成受抑制，出现血小板减少，伴或者不伴有皮肤黏膜出血的临床表现。
