妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
建议家长带孩子去医院做检查，一般较小的单纯肾囊肿生长缓慢，对肾功能的影响不大，只需要定期观察复查即可，但是对于直径超过4厘米的单纯肾囊肿或者囊肿，需要进行手术治疗。单纯肾囊肿需要手术治疗，第一种表现为腰腹疼痛不适或者心理压力过大。
二是囊肿直径大于4cm，或近期系统明显增大。
三是囊肿压迫，肾积水或囊肿引发出血、感染、破裂等病变。
四，有可能是癌症患者。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
女性如果在检查发现胎儿头部有囊肿，但是这囊肿小于一厘米以下，可以考虑半个月后，看囊肿的增长大小。但如果囊肿明显增大，就应该考虑做羊水穿刺来进一步确诊囊肿性质，如果羊水穿刺出现染色体异常，就应该考虑尽快住院进行引产。
如果胎儿的大脑有囊肿，那实际上是非常严重的情况，胎儿会因为大脑发育异常而流产，因此具体情况应由医生判断，有经验的医生可以判断囊肿是良性还是恶性，事实上，新生儿脑瘤是一种比较常见的疾病，只要治疗好，许多儿童还能恢复健康，但这仍然取决于每个家庭的实际经济状况。
