巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿吃以下食物好得快，新鲜的水果和蔬菜，不宜吃辛辣刺激性食物，清淡为主。如新鲜的蔬菜和水果等，能够补充身体的纤维素和微量元素。水果包括苹果，鸭梨等。蔬菜包括菠菜，茄子，胡萝卜，白菜，油菜，香菇等。
巧克力囊肿术后多食用补虚益气食品。可以助气行血，能有缓解疼痛之效。气血虚少者尤为适宜。家禽家畜、蛋乳、鱼鲜均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好，葱白除风散寒，疏通肝经，食之有益。
出血性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。感染性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃鳗鱼、文蛤、水蛇、针鱼、鲤鱼、麒麟菜、芹菜、芝麻、荞麦、油菜、香椿、赤豆、绿豆。
饮食上宜清淡，饮食应富含营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品等。其他注意病因不清，其组织学发生复杂，不能完全预防。根据可能的病因及流行病学结果，可从以下几方面进行预防：防止经血逆流；药物避孕；防止医源性异位内膜种植。
