婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
一般肛周脓肿是需要手术治疗的。若想保守治疗，是用些抗生素静脉给药，另外在肛肠外科检查血常规，让医生检查一下肛周处的脓肿，是否需要手术。平时禁烟酒，饮食要清淡些，不吃辛辣、刺激性的食物，多吃蔬菜水果，多喝水，保持大便的通畅，穿透气的内裤。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。
治疗宝宝的肛周脓肿，主要是要从饮食和生活习惯入手。饮食卫生，首先如果是母乳喂养的宝宝，应该要注意母亲乳头的清洁，哺育前应该用干净的毛巾仔细的擦洗。人工喂养的宝宝，应该注意奶具的严格消毒，喂奶前应该先双手洗净，喂剩的奶液可以丢弃。如果是已经到了添加辅食的宝宝，一定要循序渐进地添加辅食，饮食上要有规律，而且要根据季节调节饮食。
