胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
胎儿停止发育的情况是很严重的，停育之后在子宫里面停留的时间是不好判断的，当胎儿有停育的情况发生时，会有一些症状表现来提示孕妇要注意了，如阴道部位出血以及腹痛，可以从没有出血、少量出血或者是没有血凝块。
多数药流尚需要清宫确保干净，不管手术刮宫还是药物流产，除了对肉体上的损伤外，其引起的激素变化对人体的伤害也是难以察觉的。肉体上的损伤很快就可以修复，但内分泌变化对人体的打击却不是一天两天就能恢复过来的。
