肛瘘的临床症状比较常见的就是周期性反复发作的流脓，一般流出的脓液都比较稀少，肛门肿痛，在肛瘘不发作的时候一般不疼痛，但是如果有脓液积存于管腔内，引流不畅的时候就会出现局部肿胀疼痛，但是如果瘘管破溃，脓液流出以后疼痛就会逐渐的缓解。大部分病人在肛缘都可以触及到条索状的硬结。肛瘘反复发作，脓液不断的刺激肛周皮肤，会导致肛门潮湿，引起肛门湿疹，皮肤瘙痒，可以使用洗剂局部涂抹。可以口服消炎药治疗，平时要保持局部的干燥和清洁，经常的清洗，而等炎症改善以后，可以通过手术处理。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘的表现通常有流脓血性、粘液性分泌物，肛门潮湿、肛门瘙痒，肛门湿疹，间歇性反复发作，不能自愈。肛瘘一旦形成，就不大可能自然愈合，必须要手术治疗介入才能除根。做到早发现早治疗。
宝肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。注意饮食，少食辛热煎炸等刺激性食品及过量饮酒。一旦发生肛周脓肿，一定要及时进行手术治疗；养成定时排便的好习惯，防止大便干结，损伤肛管皮肤，造成感染。
