通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
小的黄体囊肿直径不超过5厘米不会影响怀孕，经过2-3个月之后都会逐渐自行消失，一旦囊肿发生恶化就要做手术，以便防止囊肿导致生育能力下降，要减少活动，禁止性生活，防止破裂发生。
阴道囊肿主要形成于阴道的前壁，而对于女性来说，通常需要结合阴道镜检查和病理活检来确定是否为阴道囊肿。
阴道囊肿体积增大，可能会引起患者在性交时感到疼痛或遇到困难，并且当囊肿扩大到某个程度时，可能会破裂，这进一步可能导致某些部位的分泌物显著增多。
在临床实践中，对于阴道囊肿，应当及时进行手术干预，确保阴道囊肿被彻底清除，防止对正常的性生活产生不良影响。阴道囊肿如果持续扩大，可能会引起阴道的形态异常，这不仅会干扰正常的性活动，还可能增加未来受孕的难度。
因此，在临床实践中，患者必须严格关注性生活的卫生状况，以减少性活动的过度频率。在宫颈炎或阴道炎的情况下，应当采取积极的药物治疗手段。
乳腺囊肿没有药物，进行针对性治疗的，可以对症用手术切除的方法或微创的方法进行治疗。应保证心情舒畅，多吃蔬菜水果类的食物，避免进食油腻辛辣的食物，建议宜合理饮食，注意休息。
眉毛中出现的囊肿通常是良性的。如果出现时间较短且囊肿较小，则可以继续观察而无需特殊干预。如果囊肿很大或在短时间内增加，则需要除去治疗。对于可以治疗的囊肿没有特定的药物。眉毛的面积对脸部是有害的，因此它不会太大而不能早期移除。
怀孕后由于体内激素升高，部分孕妇会出现生理性卵巢囊肿，这种卵巢囊肿透声性比较好，并且也不会很大，生完孩子后会自行消失。卵巢囊肿大小和性质，以及是否有分隔带血流等，如果卵巢囊肿中可以检测到血流，那么就是病理性的可能性大。