肺炎衣原体感染后，一般会出现高热、白细胞增多、C反应蛋白升高等症状，但主要表现为咳嗽、咳痰或有少量粘痰。如果是胸闷、气急的患者，可以服用大环内酯药物，病情比较重，特别是肺脏比较大的患者，可以通过静脉注射大环内酯类药物，红霉素、阿奇霉素有是静脉制剂。另外，成人还可以服用左氧氟沙星、莫西沙星等喹诺酮类的药物，如果病情严重的，可以通过静脉给药。在进行抗菌药物的同时，还要配合使用解痉平喘、止咳化痰等药物，多喝水，多休息，不要吃辛辣的食品和其他的化学成分。
衣原体感染一般需要做药敏实验，选用敏感的抗生素，治疗疗程2周平时注意卫生和清洁，多喝水，还有衣原体感染是可以通过性接触传播，所以未治疗之前禁止性生活，防止交叉感染，治疗结束要复查的结果3次以上转阴才视为好转，同时性伴侣也要检查有问题及时治疗。
通过药敏试验选择敏感性强的药物治疗，衣原体和支原体感染，是由于致病细菌感染所造成的。衣原体和支原体都属于细小微生物。衣原体和支原体能够独立生存，并且大量繁殖。男女都可能患病。并且可通过接触传播，传染性比较高。
如果衣原体感染治疗好了，一般不会携带。
患病后，患者可以在医生指导下使用左氧氟沙星、阿奇霉素等药物进行治疗，能够治愈疾病，可完全清除衣原体，不会终身携带。
治疗后要注意加强饮食、加强运动、增强免疫力、避免熬夜、按时休息。多食用一些新鲜的果蔬，不要食用辛辣刺激的食品。
等支原体的报告出来后再用药，因为在支原体的报告中会有药敏试验的结果。这两种是可以用同样的药治疗，选择敏感度高的药物，经输液和口服药是能治好的，平时要多注意卫生在治疗期内一定要禁房事。会经性接触传染。
一般情况下，新生儿衣原体感染的治疗方法有，使用药物、日常护理等。具体内容如下：
1.使用药物：家长应及时带新生儿前往正规医院就医，在医生指导下使用红霉素软膏、阿奇霉素片、利福平滴眼液等药物进行治疗。
2.日常护理：家长还应注意新生儿的日常护理，保证新生儿的清洁卫生，还应给新生儿准备充足的母乳或奶粉，改善生活环境，促进新生儿的身体恢复。
