如果是肾脏内比较小的结石，也可以出现轻微的腰困，腰酸等。如果肾结石比较大，就会出现腰部明显的憋胀不适，尿血等。如果肾结石掉入输尿管狭窄处，还可以出现腹部剧烈的绞痛，恶心，尿频等症状。
结石疼的时候可以肛门内给药，最常见的就是双氯灭痛栓50mg纳肛，一般3-5分钟就可以缓解疼痛。也可以肌肉注射止疼药物，比如强痛定、杜冷丁、654-2、黄体酮等，也可以静脉滴注间苯三酚、654-2。
碎结石痛，患者有轻微的疼痛感，可以忍受的。对泌尿系结石的治疗分为体内碎石和体外碎石。体外碎石是最常用的非手术治疗方式，是利用设备将能量聚集在结石的部位，击碎结石以后随尿液排出体外。
肾结石疼痛主要常位于患者的脊肋角、腰部、上腹部，多数呈阵发性，亦可为持续性。钝痛主要表现腰部酸胀不适、隐痛等，活动或劳动可促使疼痛发作或加剧。此外，严重时患者面色惨白，出冷汗、脉细而速，以至血压降落呈休克状态。同时多半有恶心呕吐、腹胀便秘。绞痛发作时，尿量减少，缓解后可有多尿现象。
肾结石的微创手术病人是没有疼痛感的，手术之后基本不需要服用止痛剂，因为微创手术不需要在腹部开口或者在腰部切口，只需像针孔一样大小的一个洞或者通过自然腔道，用输尿管镜进去以后再进行处理是不会感觉到痛苦的。
