幼虫如果寄生在肝脏，可引起大多患者肝部肿大，压迫胸腔引起反应性胸腔积液，向下发展则引起腹腔鼓胀。幼虫如果寄生在肺部，则可引起干咳，咳血等症状，同时引起肺组织病变。幼虫如果寄生在头部，则可引起头痛，发热，癫痫发作等症状。寄生在其他部位，会引起相应部位囊肿，病变和炎症。
包虫病有早期可无任何症状，到中期、晚期可表现为病人肝区疼痛，如果合并肺部肝包虫病，那么在咳嗽，痰中会咳出粉皮样物质，在筛查中，应及时复查彩超，血清学实验，可做肝包虫皮肤试验进行早期诊断。
肝包虫病早期的症状主要是由于发现腹部的肿块或者由于囊肿过大，产生了压迫的症状出现了腹胀，食欲减退等情况来就诊。严重的表现主要还是由于囊破裂所造成的，首先囊内所含有的异种蛋白和抗原可以刺激人体出现过敏反应，严重的会造成过敏性休克。如果囊液进入腹腔，可以导致肠梗阻和腹腔感染，破溃入胆道，可以造成梗阻性的黄疸和胆管炎，如果进入肺，还可以导致肺部感染，还可以直接压迫肝静脉还可以引起布加氏综合征。
包虫病常见的是局部压迫和刺激症状。棘球蚴不断生长，对寄生的器官及邻近组织器官产生挤压，引起组织细胞萎缩、坏死。受累部位有轻微疼痛和坠胀感。如寄生在肝脏可有肝区痛，在肺可有呼吸急促、胸痛等呼吸道刺激症状，累及颅脑可引起癫痫及头痛，呕吐等颅内压升高症状，寄生于骨胳易造成骨折。
脑包虫病是指脑包虫寄生于脑组织内，或者是脑室内，而引起的一种脑部寄生虫感染性疾病，如果病变位于大脑半球，基底节区，放射冠区，可以出现偏瘫，偏盲偏身感觉障碍。左侧病变时，也可以出现言语功能障碍。
