肾囊肿是否会引起腰疼，要看囊肿的部位、大小和数量。囊肿直径小于五厘米的情况不会有任何感觉和不适。若囊肿直径比较大，会产生疼痛，如是合并感染，会因为感染出现发热胀痛的情况。
卵巢囊肿是常见的生殖系统肿瘤，有多种形态，可以有囊性或者囊实性的，也有一定的恶性比例。如果良性，一般症状不明显。如果因炎症引起的囊肿，或者恶性的可以出现疼痛等表现。可以做超声，腹腔镜等检查。卵巢囊肿可以采取手术切除治疗。
卵巢囊肿会引起腹痛的，应该去医院彩超检查囊肿的变化，如果卵巢囊肿比较大了，还是手术治疗比较好的，卵巢囊肿手术恢复挺好的。术后一定要注意休息，不要吃生冷硬的食物，不要着凉。
肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，可以为单侧或双侧，一个或多个，直径一般2cm左右，也有直径达10cm的囊肿，多发于男性。出现的腰部疼痛，可能和肾囊肿有直接的关系。如果囊肿较小，一般不需做什么特殊的治疗，如果肾囊肿超过5厘米，甚至是10厘米，对局部产生压迫症状，应该进行硬化或手术治疗。
蝶窦囊肿会引起头痛的，比如有头闷的感觉，甚至有隐隐头痛的感觉。黏液囊肿相对多一点，黏液囊肿可能对周围组织造成破坏。而蝶窦旁边都是血管、神经结构，所以如果早期发现，要及时进行手术处理。
巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。