治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
巧克力囊肿院行腹腔镜手术，现医院检查发现复发，卵巢巧克力囊肿特点就是容易复发，特别是对于年轻女性。饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿是有可能会复发的，巧克力囊肿一般是由于子宫内膜异位症造成的，一般如果巧克力囊肿比较大，建议进行手术治疗，手术治疗之后可以在医生指导下服用药物来治疗子宫内膜异位症，如果子宫内膜异位症恢复到正常，是不会再复发巧克力囊肿的。可去正规医院检查后确定治疗方案。
预防巧克力囊肿要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。平时要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止做一些剧烈的体育运动及重体力劳动。
巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
