由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，应考虑手术治疗。使用裴尔科密度梯度离心法，对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，再进行人工授精。
精子畸形的治疗首先要排除自身疾病如：精索静脉曲张、前列腺炎等。最主要的还要养成良好生活习惯。多吃牛羊肉鸡蛋牛奶，加强锻炼，避免手淫。先调理一段时间再复查。如果没有好转，应该配合药物治疗。
精子畸形一般都是由其它因素引起的。如，炎症等的疾病都能引起精子畸形。所以精子畸形率高单纯靠药物治疗是不佳的。到正规不孕不育医院检查，查明病情后再针对性的治疗。用药期间禁止性生活，忌食辛辣刺激，油腻的食物。
戒除不良嗜好：忌烟忌酒、忌辛辣刺激，适量运动并保持充足睡眠，避免不良嗜好损伤睾丸功能，导致精子畸形；消除环境因素：远离辐射、污染等居住环境，避免过多接触化工原料；改善疾病因素：积极治疗包括睾丸炎在内的炎症，以及精索静脉曲张。可以服用中药调理，吃补肾益精的中药。
柱畸形分类较多，手术治疗方法较复杂。有的病人存在先天性脊柱侧弯，脊柱发育过程中可出现半椎体畸形，进行半椎体切除，上下节段进行固定；年龄稍大者可出现早发性脊柱侧弯，进行生长棒治疗，将脊柱牵引，称生长棒技术。随患儿年龄增长定期调整，调整脊柱发育成熟，根据患儿具体情况，进行终末期融合手术。
胎儿畸形一般通过检查才能知道，孕妇平时通常无任何感觉。怀孕早期出现高热，胎儿即便不出现明显外观畸形，但脑部组织发育可能产生不良影响，表现为智力低下、学习和反应能力较差。妊娠妇女抵抗力下降，容易发生各种感染性疾病，并出现相应表现，比如体温升高等。在胎儿畸形的情况下，孕妇是没有任何感觉的，需要通过系统的妊娠期检查，如唐氏筛查、超声检查、羊水穿刺等，才能早期发现。
