肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
肾囊肿伴钙化是在囊肿正常生理发展过程当中的正常表现，一般通过泌尿系彩超或者泌尿系ct报告单上会给予提示患者存在肾囊肿，同时囊壁会伴有钙化，不用过度担心。单纯性肾囊肿，都属于良性的肾脏占位性病变，因此对患者身体不会产生不良影响，也不用过度担心。只有在肾囊肿，囊炎也出现性质改变或者出现分割以及内部有明显的结节，占位，那么才需要进行肾脏增强ct检查。
肾囊肿伴钙化要看钙化的大小情况判断是否严重。小的囊肿不严重，对于有症状，比较大的囊肿比较严重，及时调理消肿治疗，意饮食锻炼，不吃辛辣刺激食物，合理运动，不要过于剧烈以免引起囊肿破裂。
肾囊肿钙化属于良性的肿瘤，一般是不会发生癌变的，但是并不能完全的排除发生癌变的可能性。所以是需要定期的去正规的医院做相应的检查。由于肾囊肿如果是不断的增大，可能会对该器官周围的细胞持续性不断的压迫，最终导致该器官的功能异常。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
肾囊肿及伴囊壁钙化的情况，不能自愈，囊肿吸收萎缩后出现的囊壁钙化的情况，也是囊肿萎缩及恢复过程中的一种自愈现象。只要肾囊肿钙化后无肾功能异常和尿液发生变化，可以不做处理，注意观察和复查，没有不适也不做治疗处理。
