进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
一般做普通的胃镜需要250元-300元左右的费用，做无痛胃镜的话大概需要500元-600元左右的费用，做肠镜要看作什么部位了，如果是小肠镜的话，大概需要800元-1千元左右的费用，如果是做结肠镜的话，大概需要200元-300元左右的费用就可以了，在做肠胃镜检查前需要空腹六小时。
结肠镜检查的费用各个医院价格不一，在2百多元钱左右，如果再行病理活检及结肠息肉切除等治疗，费用可能还要再高一点。但是在结肠镜检查之前需要行肠道清洁，肠道清洁干净之后才能进行大肠的检查，以观察得更细致，发现更小的病变。
直肠镜检查有点痛，不会造成很大的疼痛感，如果非常害怕疼痛，也可以做无痛的，无痛直肠镜检查疼痛感更轻，是一种最新的技术。在感觉不到疼痛时，就能完成整个的检查，不会有不舒服的状况发生。