脑部CT和核磁共振相比较，肯定是CT有辐射，而核磁共振没有辐射。因为CT的检查原理是通过X射线来进行扫描，这个检查是有辐射，无论做什么部位都有射线。而核磁共振的检查原理是通过磁场来进行扫描，没有辐射。所以这两个检查的原理不一样，CT有辐射。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
做脑核磁副作用是基本没有的。但是如果体内有金属植入物如义齿，脑动脉瘤手术放置银夹，安装心脏起搏器的病人均不能使用核磁共振检查。不然有可能会导致脑核磁的检查效果失效。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
核磁共振是通过核磁共振来检测人体的内脏，不会产生辐射，所以不会对人和大脑造成危害，甚至连婴儿都不会造成危害。核磁共振的时候，身体要保持平稳，正常的扫描要20分钟，如果要做X光或者做血管造影，则要花费更多的时间，所以，宝宝只能在睡觉的时候做，或者是在睡觉的情况下使用镇定剂，这样才能让手术成功，影像清晰，结果也更加可信。
头颅ct检查一般是根据病变部位的形态来确诊，而MRI则是根据病变的类型来进行鉴别和确诊。某些疾病在ct上没有明显的表现，但是在MRI检查中会发现。如患者是初期的脑初血，则有临床表现，但ct检查无显著病变，可以通过MRI可以确定病变的位置和出血的程度。因此，需要根据病人的具体情况来进行检查。建议患者及时去医院就诊，根据自身情况，选择合适的检查。
