肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
如果肾囊肿很小，就不需要治疗。通常小于5厘米的肾囊肿可以通过定期复查予以关注。小囊肿不会引起身体不适，只有一些大于5厘米的大囊肿会压迫身体其他器官，从而导致排尿异常或疼痛。
肾囊肿不大是没有必要去治疗的，不需要吃药，也不需要动用手术。如果肾囊肿逐渐长大，大于5厘米以上，可能会压迫肾组织导致肾功能受损，此时需要手术切除肾囊肿。药物或中医对肾囊肿效果应该是不明显的。
可以采用超声进行监测，如果是囊肿直径大于四个厘米，可以在超声引导下进行囊肿穿刺并引流囊液，同时可以使用95%的乙醇或者四环素作为硬化剂注入囊腔内。但是如果肾囊肿直径大于八个厘米，可能需要手术治疗，有条件者可以行腹腔镜下肾囊肿去顶术进行治疗，这种手术创伤小，疗效确实，术后患者恢复快，已经成为治疗有手术指针的单纯性肾囊肿的精标准方法。
