进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
可以做彩超检查，配合做尿常规检查，如果出现了急性膀胱炎，可能会出现尿急尿频。并且需要防止膀胱炎，导致出现上行性感染，反复发热比较容易出现肾炎的情况。平时多注意休息。
血常规24项检查主要是检查红细胞、白细胞、血红蛋白还有血小板等。主要是为了了解身体是否有感染、是否出现有贫血，或者是一些血液性的疾病。如果白细胞增高，可能身体出现有感染性的疾病、化脓性的疾病。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
血常规主要是检查红细胞数量，白细胞数量，血小板数量，血红蛋白含量，红细胞的体积，红细胞的浓度，淋巴细胞的数量和淋巴细胞比率，中性粒细胞数量和中性粒细胞比率，嗜酸性粒细胞数量，嗜酸性细胞的比例。
