胆囊结石且胆囊萎缩应该手术治疗，因为胆囊结石的癌变率大概10%，当胆囊出现萎缩的时候，说明胆囊的功能就不健全了。这时候胆囊既然没有功能，里面又有大量的结石，这样引起癌变几率比较大。
胆囊结石要用，溶石药物、抗胆碱能药物、抗生素等。
如果为胆固醇类胆囊结石的患者，可考虑溶石治疗，如遵医嘱口服熊去氧胆酸、牛磺熊去氧胆酸等药物。对于疼痛较重的患者，可在医生指导下使用抗胆碱能药物，如山莨菪碱，可缓解胆道痉挛，缓解疼痛不适，患者需要及时前往医院就诊，明确病因后对症治疗，以免延误病情的诊治。
一般情况下，胆囊结石的危害主要有以下几点：
1.部分胆囊结石患者会出现上腹部、腹胀等轻度的症状；
2.部分结石可导致急性胆囊炎复发，严重影响患者的生存；
3.少数胆囊结石虽不大，但有嵌顿在胆囊颈，或跌落到胆总管，造成嵌顿，造成急性、剧烈的疼痛，严重的可导致胆囊坏死；
4.如果胆囊中有太多的结石，就会导致胆囊的功能下降。如果出现慢性的胆囊炎，就有可能导致胆囊癌的发生。
一般情况下，胆囊结石3-5mm通常需要治疗。具体分析如下：
如果胆囊结石是单发的，而且小于3cm的胆管结石，一般不会有太大的临床表现，通常暂时不用治疗，平时应该注意适当地饮水即可。如果胆囊结石是多发的，而且已经有3-5mm，可能会嵌顿在胆囊颈部，会导致急性胆囊炎、胆囊穿孔、坏疽等并发症，这种情况下患者需要及时就医治疗，以免病情加重，严重损伤身体健康。
主要是通过临床上的一些影像学检查来看大小的，一般胆囊结石小于一厘米就算是比较小的了，如果结石的直径大于三厘米，并且还伴有一些胆囊息肉出现，在临床上就是非常大的结石了。
胆囊结石充满型严重。胆囊充满型结石不一定产生症状，但是相比于其他类型的胆囊结石，更容易导致结石性胆囊炎的发生，更容易造成胆囊炎的反复发作。其不仅导致生活质量下降，还有可能导致胆囊癌变，严重影响生存期。