肛门狭窄大部分都是后天性的，后天性的肛门狭窄在临床上比较常见，可能是因为肛裂引起。长期的肛裂会刺激裂口下方的部分括约肌纤维化，导致排便时，肛门无法正常打开至正常的大小，即直径3cm左右，从而形成了肛门狭窄。
肛门狭窄多为先天不足和外伤后所致。肛门狭窄的病因很多，主要有以下几个方面：先天性肛门畸形：在胚胎中，直肠与肠管之间的肛门直肠膜发育失常，生后此膜尚未消失或开裂不全，形成肛门闭锁或肛门狭窄。肛门、肛管炎症：慢性炎症或溃疡粘连，瘢痕形成挛缩，是常见的病因。肛门平时收缩，如有炎症或伤口，收缩更紧。容易粘连，造成狭窄。
腹部左侧隐痛是比较常见的临床症状，要考虑来自胃肠道方面的疾病可能性大一些。如常见的慢性肠炎、直肠炎容易引起左侧腹部的隐痛。必要的时候还要排除有没有特殊的疾病，比如溃疡性结肠炎也可以出现左侧的隐痛，必要的时候可以做一下肠镜检查，排除有没有肠道方面的肿瘤性的病变，比如结肠癌直肠癌等。
先天性食管闭锁与基因、炎症、血管发育不完全等有关。
先天性食管闭锁是新生儿消化道的一种常见的发育异常，孕妇在胎儿阶段会有羊水过量，尤其是在妊娠30周以后，会有很多的问题，B超会发现，在B超上，孕妇在食管区会有一个空泡，这就是B超的作用。然而，在胚胎时期，最灵敏、最具专一性的方法就是MRI，不但没有创伤，而且更安全。
脊柱和脊柱的变性疾病是继发椎体的重要因素。包括后纵韧带增粗、骨性骨质疏松症、腰椎间盘膨出、突出、脱垂、游离及黄韧带肥大等。继发性椎管狭窄可能是由于脊柱压缩或破裂引起的。当颈椎和神经受到挤压的时候，可以通过外科手术来缓解压力，同时进行局部的压力降低。如果无明显的临床表现，可以采用营养神经，脱水，荷尔蒙等保守疗法。
